肠道病毒(Enterovirus)属小RNA病毒科(Picomaviridae)，包括脊髓灰质炎病毒(Poliovirus)、柯萨奇病毒(Coxsackie vims) A、柯萨奇病毒(Coxsackievirus) B和埃可病毒(Enteric Cytopathogenic Human Orphan virus,简称ECHO virus)。肠道病毒是在水体环境中最常见、也是水病毒学研究最多的一类病毒。在研究水的病毒学安全性中，常以肠道病毒作为代表，因为这类病毒病患者排毒量大、排毒时间长，肠道病毒对外界环境抵抗力强、存活时间较久，可以通过水体以外的途径传播，而且比其他病毒易于检测。

1、脊髓灰质炎病毒

这种病毒是一种圆形的微小病毒，属肠道病毒。脊髓灰质炎是一种急性传染病。染病后常发热和肢体疼痛，主要病变在神经系统，故部分病人可引发麻痹，严重者可留有瘫痪后遗症。此病多见于小儿，所以又名小儿麻痹症。

感染者的鼻咽分泌物及粪便内均可排出此病毒。食物和水可能被粪便感染，所以经口摄人是主要的传播途径。如水源被污染了，可促成较大的流行。此病毒在人体外生活力很强，可在水中和粪便中存活数月，低温下可长期保存，但对高温及干燥较敏感。

2、其他肠道病毒

除脊髓灰质炎病毒，肠道病毒还有柯萨奇和埃可病毒，这两种病毒在世界上传布也极广，主要侵犯少儿。一般夏秋季易流行。它们都具有暂时寄居人类肠道的特点。

这两种病毒引起的临床表现复杂多变，同型病毒可引起不同的症侯，而不同型的病毒又可引起相似的临床表现。一般症候有以下几种：无菌性脑膜炎、脑炎;急性心肌炎和心包炎;流行性胸痛;疱疹性咽峡炎;出疹性疾病;呼吸道感染;小儿腹泻等。

病毒性肝炎一般可分为甲型肝炎(传染性肝炎或短潜伏期肝炎)和乙型肝炎(血清性肝炎或潜伏期肝炎)，两者病理变化和临床表现基本相同。主要临床症状有食欲减退、恶心、上腹部不适(或肝区痛)、乏力等，部分病人有黄疽和发热，多数肝脏肿大，伴有肝功能损害。

甲型肝炎病毒主要从粪便排出体外，经口传染。水源或食物被污染后，可能引起爆发性流行。

轮状病毒(Rolavirus)归类于呼肠孤病毒科(Reoviridae)轮状病毒属(Rotavirus)。由澳大利亚Bishop等于1973年首先从腹泻病人的十二指肠上皮细胞中发现。轮状病毒是引起全球儿童急性腹泻的最常见病因之一，据估计全球每年患轮状病毒肠胃炎的儿童超过1.4亿，造成数十万儿童死亡。其流行高峰主要在秋冬季，故常称为“秋季腹泻”。轮状病毒对各种理化因子有较强的抵抗力，在粪便中可存活数日或数月。

轮状病毒主要通过口-粪途径传播，可经饮用或进食受污染的饮水或食物、或接触受污染的对象传播。1981年美国科罗拉多州发生的轮状病毒病的暴发与市政供水的污染有关。1982年以来，中国发生了几次感染数百人的B族轮状病毒大暴发，其原因是饮用水被污水污染。

2002年底在我国广东省发现首例严重急性呼吸道综合征(severe acute respiratory syndrome, SARS,俗称非典型性肺炎)患者，截至2003年6月SARS已经波及到380个国家和地区，总发病8000余例，死亡800多人。该病患者初期通常有高于38℃的发热，并会伴有寒颤，或者头痛、倦怠和肌痛，后期表现为干咳无痰，呼吸困难。该病传播途径以近距离飞沫传播为主，同时可以通过手接触呼吸道分泌物经口、鼻、眼传播。

目前已有的研究结果发现，SARS病原微生物为SARS冠状病毒，归属于巢状病毒目、冠状病毒科，为单链RNA病毒。

一些在未经处理的污水中出现的100多种病毒曾在人们的排出粪便中检测到。人类每1克粪便中可排出100万以上病毒，而污水中传染性病毒颗粒的浓度可高达每立升50万。这些病毒都是引发疾病的根源。想要减少发病率，不仅仅要注意各种自身卫生及食物卫生，更重要的是从根源出发，净化水体，减少水源中生活废水和工业污水的排入。